蓬瀛仙館於2008年起多次資助北區醫院添置醫療器材和設備，包括購買肺炎預防疫苗，添置超聲波內視鏡、電腦導航骨科手術系統、泰勒環形外固定支架、電磁導航支氣管鏡，設立現代化手術室、泌尿外科檢測中心和智慧手術室，歷年累積捐贈超過3,000萬。

新界東各區區內人口日漸增加，人口老化亦令醫療需求十分殷切，近年蓬瀛仙館就與大埔醫院加強合作，資助院方添置護理、康復和教育設施，優化醫院設備以配合現代化需要，提升醫療安全及服務質素，以及為病人帶來最大康復效益。

香港擁有豐富的天然綠色資源，其中在香港東北部和東南部就擁有世界級的岩石構造和地質特徵。香港地質公園先後於2009年和2011年成為中國國家地質公園及納入世界地質公園網絡。在北區民政事務處和漁農自然護理署的倡導下，蓬瀛仙館從2010年起支持地質教育工作，分別資助在吉澳和荔枝窩設立兩間地質教育中心。地質教育中心由非政府組織或當地村民營運，到訪的遊客除了可以認識到地質知識，還可以從展品中了解當地人文、歷史和生態。2019年，蓬瀛仙館更資助位於吉澳的項目，將當地的地質教育中心進一步發展成吉澳故事館，成為地質公園最新的教育設施。

蓬瀛仙館一直支持懲教署提供全面的更生服務，以協助在囚人士改過自新，他日重新融入社會。自2010年起多次支持懲教署製作《全城響應助更生》電視節目，推廣有關更生服務的信息。又支持該署「青少年廣播計劃」，資助壁屋懲教所設立影音製作室，開辦小型電台。此外，2013年合作製作了一輯四集名為《愛重生》的寫實劇集，以四個更生人士的故事，分享放下過去、重新上路的經歷。2016年聯合製作《愛重生》微電影系列《真愛》、《兄弟》和《代價》，宣揚守法訊息。2019年出版《愛重生．在囚人士更生故事》一書，記錄十位在囚或更生人士的真實個案。2025年在懲教署設立「蓬瀛仙館教育基金」，支援在囚人士報讀遙距課程及支付公開考試費用。

蓬瀛仙館與仁濟醫院都十分關注社區上安老服務的需求，尤其是如何實現「居家安老」的理想。就此，蓬瀛仙館捐資300萬元與仁濟醫院在九龍城和粉嶺聯和墟合辦兩所社區服務中心，分別為「仁濟醫院蓬瀛仙館睦鄰社區服務中心」及「仁濟醫院蓬瀛仙館聯和睦鄰社區服務中心」。

兩間中心為長者提供多項服務和支援，包括個人身心健康關顧、復康治療、情緒支援、社康活動、營養膳食、交通接送等服務，中心內更設有護理室、運動室、多媒體活動室，及備有護理設施、物理治療和職業治療器材，以切合長者的不同需要。