歷史
「八大神」像軸之一，太乙雷聲普化天尊（1930年廣州三元宮弟子張偉 繪）
派宗龍門 雙魚築館
1929年，廣州越秀山三元宮住持麥星階與全真龍門派道人何近愚、陳鸞楷同遊香港，留宿於道侶李道明在粉嶺安樂門村的別墅本立園。期間眾人遙望雙魚洞一帶山色秀麗，於晨曦初照時更看到半山中浮起五色祥雲，讚嘆那裏正是人間仙境。眾人有感而發，倡議在雙魚洞山麓興建一座龍門正宗道院，作為道侶潛修的地方。眾人回到廣州後立即邀約同道集資買地，並將這所道院命名為「蓬瀛仙館」。
適時應化 廣闢善基
在創館初期，蓬瀛仙館主要供道侶研經修養，同人清虛自守，力崇簡約。直至1950年代，同人有見香港社會的發展和環境的轉變，為求適時應化，廣闢善基，決定改訂章程，採用理監事制度。嗣後山門對外開放，並漸次開展施衣、贈藥、濟貧等善業。1951年，蓬瀛仙館更向政府申請取得後山地段，經多年悉心規劃，先後營建西齋、坤堂、從福亭、積厚亭、樂善亭、喜雨亭、蓬萊閣、永思堂、明臺等建築，園林景致，鳥語花香，成為新界一處勝景。
改組註冊 繼往開來
隨着館務發展，事務日益增多，同人考慮到要在社會上作進一步發展，故此於1972年向公司註冊處註冊為「有限公司」，以發展為一個集宗教、文化和公益於一體的現代宗教機構為目標。
鑒於善信遊人與日俱增，自1970年代末起同人開始重新規劃全館布局。1980年，恭奉太上道祖、純陽呂祖師、長春丘祖師的三聖大殿「兜率宮」擴建完工，其兩側的喜雨樓和元辰殿大樓亦相繼落成。太上道德經璧、十二生肖石、軒轅問道圖、十二生肖銅首、二十四孝瓷畫等雕塑和裝飾，把道教文化融合於建築藝術之中，設計匠心獨運，饒富特色。鳥瞰蓬瀛仙館，可見到殿宇房舍，莊嚴巍峨，鱗次櫛比，園林錯綜其間，體現了中國傳統建築和道觀文化的特色。
弘道立德 濟世度人
向社會大眾弘揚道教信仰和文化從來是蓬瀛仙館的一大要務。自1990年代以來，蓬瀛仙館的弘道工作緊貼時代的發展，以講座、出版、展覽、音樂、互聯網、影視作品等交織出道教文化的新形象，當中較為顯著的工作有香港道樂團、道教音樂匯演、百科全書形式網站「道教文化資料庫」、《蓬瀛仙館道教文化叢書》系列、《道學研究》學術期刊、《道德經》文化展覽、「道通天地」頻道等等。此外，為了推動道教學術研究，蓬瀛仙館分別於2006年及2008年與香港中文大學及上海音樂學院展開了合作。
蓬瀛仙館傳承廣東全真龍門派的傳統，館內的經懺團除了負責日常儀式和應緣法事外，更經常參與本地和海內外的大型宗教活動，致力宣揚科範。為傳承和發揚科儀經懺文化，蓬瀛仙館以「保護單位」的身份成功將「全真道堂科儀音樂」申報為國家級非物質文化遺產代表性項目。
遵循道教「濟世度人」的信念，蓬瀛仙館的公益活動隨着時代發展，從早期以賑濟為主，轉為發展有組織的醫療、教育及社會服務，以照顧社會基礎大眾對非牟利服務的需要。蓬瀛仙館從1996年加入香港社會服務聯會，現時辦有中醫門診、流動中醫診療車、幼稚園、青年自修室、獎助學金、長者鄰舍中心、家庭綜合服務中心等等多個項目。除此以外，蓬瀛仙館經常支持政府、公營機構和其他團體的公益事業，尤其是協助改善新界東的公共醫療服務。
道教信仰一脈相承，蓬瀛仙館先後於1992年、2002年和2016年，與北京白雲觀、台北指南宮和新加坡贒當宮結盟，展開緊密的交流和合作，共謀發展，期望能為大闡玄風、創建和諧，作出更多貢獻。
