觀音殿位於元辰殿大樓二樓，2004年2月開幕。殿中
觀音，又稱為慈航道姥、觀音大士。眾生如果受到種種苦惱，只要一心稱誦觀音尊名，觀音能即時觀其音聲，使他們得到解脫，「觀音」之名亦由此而來。每年農曆二月十九日及六月十九日，本館均會舉行朝賀儀式慶祝觀音寶誕。
觀音殿中央的觀音像由漢白玉所製，由於觀音的法場是紫竹林，所以塑像周圍布置竹子作為裝飾。
道教的核心信仰是「尊道貴德」，修道即修仙之道。「仙」字由「人」字和「山」字組合而成，寓意人在山中，即進山修煉，追求與自然合一，與天地同壽。另一寫法是「僊」，象徵神仙是由人變成。道教崇拜觀音，因為觀音是由人修道而成為仙真，能給予修道之人很大動力。
觀音像兩旁供奉了南斗星君和北斗星君，道教有謂：「南宸增福壽，北斗注長生。」所以人求福壽，通常禮斗。蓬瀛仙館每個月都會舉行禮斗祈福儀式。
觀音殿內常年設有斗桶、斗燈，本館會把善信名字寫上，以求福庇。
斗燈：又名「鴻運燈」，是讓善信祈福、禮拜斗星的用品，取光明、長壽之意。
斗桶：同樣是禮斗用品。斗桶內放有不同物品，添好意頭。例如燈代表長壽，米代表豐衣足食，秤和算盤有利做生意，鏡和剪刀可以破邪等。
斗桶內的「斗牌／斗板」：將禮斗善信的名字上達天庭。
每年九皇誕後，善信可以重新登記常年禮斗，或供奉設在觀音殿內的斗桶及斗燈，讓經師在每月禮斗儀式中向斗姥元君及北斗星君上表祈福。
