蓬瀛仙館於2003年與北京宗教文化出版社達成合作協議，以多系列方式推出《蓬瀛仙館道教文化叢書》。有別於市面上一般出版物，這套叢書基於道教的立場，有系統、有層次地闡述及介紹道教文化，加深大眾對道教的瞭解，出版之時力求文字淺白通俗，適合普羅大眾閱讀。至2019年，這套叢書總共有神仙傳記系列、博士論文系列、科儀系列、文藝系列、道經注解系列等，合共二十七種。