蓬瀛仙馆于1950年代已经刊印善书，可惜相关记录并不完整。从1970年代重刊《七真传》开始，历年曾经重刊的有《道德经释义》、《太上清静经》、《太上老君作十四字养生诀释义》、《周易参同契释义》、《黄帝阴符经．黄石公素书释义》、《吕祖无极宝忏注》等道教经典，与此同时，也曾经刊印新编的《丘处机略传连环图》、《道教概论》、《道教常识问答》、《四季养生食疗》、《太上道德经金句绘本》等刊物，题材和类型非常广泛。

蓬瀛仙馆于2003年与北京宗教文化出版社达成合作协议，以多系列方式推出《蓬瀛仙馆道教文化丛书》。有别于市面上一般出版物，这套丛书基于道教的立场，有系统、有层次地阐述及介绍道教文化，加深大众对道教的瞭解，出版之时力求文字浅白通俗，适合普罗大众阅读。至2019年，这套丛书总共有神仙传记系列、博士论文系列、科仪系列、文艺系列、道经注解系列等，合共二十七种。

为了普及道教艺术知识，蓬瀛仙馆于2011年又策划出版《道教艺术精华系列》。丛书共分五册，内容包罗文人画、水陆画、版画、壁画、雕塑、铸造、建筑、法器法物等多种艺术类型，专业解说加上精美图片，为读者提供一套道教艺术入门的工具书。丛书至今已经出版《卧游仙云：中国历代绘画的神仙世界》、《玉宇琼楼：道教宫观的规制与信仰内涵》、《陶铸永恒：道教神像的塑造工艺与经典造像》、《道像庄严：壁画水陆画版画的神仙世界》四册，得到了各界的广泛回响。

蓬瀛仙馆与上海城隍庙于2014年合作开展《当代视角下的道教神学丛书》出版计划，旨在增强道教神学理论基础，研究及建构适应时代需要的神学思想。

这个项目由上海城隍庙邀请四川大学老子研究院组织学者编写，成果交由蓬瀛仙馆出版，分题包括《大道论》、《神仙论》、《自然论》、《盗机论》、《无为论》、《魂魄论》、《清静论》、《不争论》、《柔弱论》、《天人论》、《命运论》、《善恶论》、《生死论》、《道士论》、《道经论》、《斋醮论》、《符法论》、《养生论》、《洞天论》、《丹道论》、《弘传论》、《道教神学概论》及《道教比较神学导论》共二十三种，目前已出版《道教神学概论》和《大道论》两种。

书籍的出版与推广同样重要。每年7月由香港贸发局在香港会议展览中心主办的「香港书展」，是本地文化界及出版界的盛事，自2011年起蓬瀛仙馆与其他道堂应邀在香港道教联合会领导下组成「道教坊」参与这个活动。蓬瀛仙馆的摊位不仅出售和派发道教书籍和影音光碟，且工作人员会藉此机会解答大众对道教信仰和文化的疑问，使「道教坊」成为一个与大众结缘的契机。