蓬瀛仙馆于1989年在上水太平邨创办太平幼稚园，至今已有30年历史。学校办学着重启发儿童，重视品德教育，发掘儿童的智慧潜能，促进学童德、智、体、群、美之发展。目前太平幼稚园参加了教育局的「免费优质幼稚园教育计划」，为幼儿提供全日制和半日制课程。2018至2019年幼稚园完成了多项修缮工程，校舍焕然一新。

为进一步推动区内的教育发展，蓬瀛仙馆于2013年成为香港道教联合会邓显纪念中学的协办团体。学校运用蓬瀛仙馆提供的资源添置和更换教学设备、举办活动，以及设立奖学金等等，提升了教学质素。

蓬瀛仙馆于1992年起设立公开考试成绩优良奖，颁发奖学金及奖状予参与公开考试的学生，以表扬莘莘学子努力学习，及树立良好的榜样。这个项目的受惠对象包括北区区内中学、香港道教联合会、仁济医院及博爱医院属校的学生以及馆员子弟。除此以外，蓬瀛仙馆亦在香港中文大学敬文书院、元朗公立中学校友会属校设立奖助学金，以表扬勤奋好学的学生。

有鉴于北区基层人口数目众多，这些家庭的状况一旦发生突然变化，经济往往陷入困境，而其在学家庭成员的生活和学业难免受到影响，亟需即时援助。2015年，蓬瀛仙馆设立了「学生紧急援助金」，旨在为有需要的学生家庭在申请到长期援助前，提供一次性紧急现金援助。

为了增进香港青少年对中国传统文化及祖国国情的认知，蓬瀛仙馆在2014年借着85周年馆庆的机会，举办了「探索与传承：岭南文化青年营」学生交流团活动。由于反应良好，故此当年至2019年六年间与香港十一所中学合作共九个学生交流团，带领中学生游览祖国历史文化名胜及宫观，并与当地青年学生交流，以及认识当今中国的社会发展状况，足迹已经遍及广东省多个城市、福建省泉州市及陕西省西安市。这系列活动自2016年起更多次获得青年发展委员会的拨款赞助，至今共有超过五百多名学生人次参加。

蓬瀛仙馆于2012年与华南师范大学文学院签订协议设立「蓬瀛仙馆助学金」，开始全额资助该院贫困学生完成整个大学课程。这个项目免除了学生和他们家庭的经济和生活压力，当他们顺利投身社会，就真正可改变自己和家庭的未来。