蓬瀛仙馆于1989年在上水太平邨创办太平幼稚园，至今已有30年历史。学校办学着重启发儿童，重视品德教育，发掘儿童的智慧潜能，促进学童德、智、体、群、美之发展。目前太平幼稚园参加了教育局的「免费优质幼稚园教育计划」，为幼儿提供全日制和半日制课程。2018至2019年幼稚园完成了多项修缮工程，校舍焕然一新。

为进一步推动区内的教育发展，蓬瀛仙馆于2013年及2014年分别成为香港道教联合会邓显纪念中学及元朗公立中学校友会小学的协办团体，将办学力量从幼稚园扩大至中、小学范围。两所学校运用蓬瀛仙馆提供的资源添置和更换教学设备、举办活动，以及设立奖学金等等，提升教学质素。

蓬瀛仙馆于1992年起设立公开考试成绩优良奖，颁发奖学金及奖状予参与公开考试的学生，以表扬莘莘学子努力学习，及树立良好的榜样。这个项目的受惠对象包括北区区内中学、香港道教联合会、仁济医院及博爱医院属校的学生以及馆员子弟。除此以外，蓬瀛仙馆亦在香港中文大学敬文书院、元朗公立中学校友会属校设立奖助学金，以表扬勤奋好学的学生。

有鉴于北区基层人口数目众多，这些家庭的状况一旦发生突然变化，经济往往陷入困境，而其在学家庭成员的生活和学业难免受到影响，亟需即时援助。2015年，蓬瀛仙馆设立了「学生紧急援助金」，旨在为有需要的学生家庭在申请到长期援助前，提供一次性紧急现金援助。

为了增进香港青少年对中国传统文化及祖国国情的认知，蓬瀛仙馆在2014年借着85周年馆庆的机会，举办了「探索与传承：岭南文化青年营」学生交流团活动。由于反应良好，故此当年至2019年六年间与香港十一所中学合作共九个学生交流团，带领中学生游览祖国历史文化名胜及宫观，并与当地青年学生交流，以及认识当今中国的社会发展状况，足迹已经遍及广东省多个城市、福建省泉州市及陕西省西安市。这系列活动自2016年起更多次获得青年发展委员会的拨款赞助，至今共有超过五百多名学生人次参加。

蓬瀛仙馆于2012年与华南师范大学文学院签订协议设立「蓬瀛仙馆助学金」，开始全额资助该院贫困学生完成整个大学课程。这个项目免除了学生和他们家庭的经济和生活压力，当他们顺利投身社会，就真正可改变自己和家庭的未来。