观音殿位于元辰殿大楼二楼，2004年2月开幕。殿中央供奉了一尊由汉白玉雕刻的观音像，塑像后方以竹林作为装饰，取意观音大士于紫竹林修行。两旁则供奉了南斗星君和北斗星君。殿内四周亦设置了礼斗祈福用的斗桶和斗灯。
观音，又称为慈航道姥、观音大士。众生如果受到种种苦恼，只要一心称诵观音尊名，观音能即时观其音声，使他们得到解脱，「观音」之名亦由此而来。每年农历二月十九日及六月十九日，本馆均会举行朝贺仪式庆祝观音宝诞。
观音殿中央的观音像由汉白玉所制，由于观音的法场是紫竹林，所以塑像周围布置竹子作为装饰。
道教的核心信仰是「尊道贵德」，修道即修仙之道。「仙」字由「人」字和「山」字组合而成，寓意人在山中，即进山修炼，追求与自然合一，与天地同寿。另一写法是「僊」，象征神仙是由人变成。道教崇拜观音，因为观音是由人修道而成为仙真，能给予修道之人很大动力。
观音像两旁供奉了南斗星君和北斗星君，道教有谓：「南宸增福寿，北斗注长生。」所以人求福寿，通常礼斗。蓬瀛仙馆每个月都会举行礼斗祈福仪式。
观音殿内常年设有斗桶、斗灯，本馆会把善信名字写上，以求福庇。
斗灯：又名「鸿运灯」，是让善信祈福、礼拜斗星的用品，取光明、长寿之意。
斗桶：同样是礼斗用品。斗桶内放有不同物品，添好意头。例如灯代表长寿，米代表丰衣足食，秤和算盘有利做生意，镜和剪刀可以破邪等。
斗桶内的「斗牌／斗板」：将礼斗善信的名字上达天庭。
每年九皇诞后，善信可以重新登记常年礼斗，或供奉设在观音殿内的斗桶及斗灯，让经师在每月礼斗仪式中向斗姥元君及北斗星君上表祈福。
