蓬瀛仙馆于1992年起设立公开考试成绩优良奖，颁发奖学金及奖状予参与公开考试的学生，以表扬莘莘学子努力学习，及树立良好的榜样。这个项目的受惠对象包括北区区内中学、香港道教联合会、仁济医院及博爱医院属校的学生以及馆员子弟。除此以外，蓬瀛仙馆亦在香港中文大学敬文书院设立奖助学金，以表扬勤奋好学的学生。