蓬瀛仙馆于2003年与北京宗教文化出版社达成合作协议，以多系列方式推出《蓬瀛仙馆道教文化丛书》。有别于市面上一般出版物，这套丛书基于道教的立场，有系统、有层次地阐述及介绍道教文化，加深大众对道教的瞭解，出版之时力求文字浅白通俗，适合普罗大众阅读。至2019年，这套丛书总共有神仙传记系列、博士论文系列、科仪系列、文艺系列、道经注解系列等，合共二十七种。