蓬瀛仙馆过去亦有兴办「夏季赠医赠药」,至1985年决定委托上水广安堂恒常办理义诊,是兴办施医赠药事业的开端。到1993年,馆内自设的中医部投入服务。为了紧贴中医药新发展和迎合都市人生活习惯,自2012年起各中医服务单位全面采用颗粒冲剂取代传统草药。

此外,2022年蓬瀛仙馆与省善真堂合办「蓬瀛省善慈善中医诊所」。诊所位于九龙城狮子石道金伦楼二楼,提供中医诊症、中医药粉、针灸、拔罐、手法治疗等等,并于每周一天提供义诊。